Após uma segunda temporada desastrosa, o Volume 3: Villains tenta resgatar os expectadores trazendo uma nova trama. Este episódio tem início com a continuidade do final do último episódio da segunda (ARGH!!) temporada. Momentos depois da troca de tiros, a chocante identidade do assassino de Nathan e as razões do porquê da coletiva de imprensa no Texas ter sido encurtada são reveladas — imediatamente arremessando Peter e Matt até um território inesperado. Com os poderes parcialmente recuperados, Sylar decide que uma visita para Claire poderia dá-lo mais força, ou seja, ele pode ou não morrer. Enquanto isso, em Tóquio, Hiro e Ando são encarregados de proteger um segredo de família que poderia dividir o planeta ao meio, e descobrem que o caminho para um futuro sinistro começa com uma suspeita velocista, Daphne. Na cidade de Nova York, graças a Maya, Suresh faz uma descoberta impressionante que poderia mudar o mundo — ou simplesmente destruí-lo.