O episódio começa... Em 1996. Vemos a pequena Amelia Pond, desenhando uma cena de um céu à noite, com a lua e... Estrelas. Um psicólogo explica a ela que não existem estrelas - o céu à noite só tem a lua, e o resto é escuridão. Enquanto a psicóloga e a tia Sharon conversam, um panfleto anunciando uma exposição no Museu Nacional é jogado pela caixa do correio com um destaque à caneta, circulando uma caixa grande, e uma anotação dizendo que Amelia precisa estar lá. E lá ela vai com sua tia, onde há estátuas de máquinas estranhas (Daleks!), e uma caixa grande, de metal - a Pandorica. Enquanto ela olha, o seu refrigerante é roubado, e ela vê um papelzinho colado na caixa: "Esconda-se, Pond". Ela resolve obedecer, e apesar da tia Sharon procurá-la incessantemente, o Museu é fechado, e Amelia está lá dentro. Ela volta até a Pandorica, e coloca a mão na caixa, que começa a abrir. Ela abre, e... Quem está lá dentro é a Amy. Sim, ela mesma, só que com 21 anos. E ela vaticina: "Agora vai ficar complicado". Corta e vamos para os créditos, com cérebros já derretendo.

Voltamos um pouco (ou muito) no tempo: em 102 DC, o Auton Rory tem Amy nos seus braços, morta. Ele se conforta falando das histórias deles juntos, quando o Doutor surge na sua frente, com o Manipulador de Vórtice da River Song no pulso, e um chapéu turco - um fez, e um esfregão debaixo do braço. Ele explica que precisa de Rory para trazer Amy de volta à vida, e lhe dá a sua chave de fenda sônica para abrir a Pandorica. Antes de sumir, ele fala para Rory colocar a chave no bolso de cima da blusa da Amy. Rory vai até a Pandorica, abre-a, e encontra o Doutor lá dentro. O Doutor está curioso, e vê que a chave de fenda sônica é a mesma, mas do futuro dele. Eles colocam Amy dentro da Pandorica, já que ela é uma prisão tão segura, que nem a morte é permitida como um meio de fuga. Ou seja, ela vai viver novamente. Só que, para curá-la, uma fonte de DNA externo será preciso, e uma só poderá ser fornecida em 2000 anos. Para ser exato, em 1894 anos. O Doutor pega o Manipulador de Vórtice e prepara-se para um salto rápido para o futuro, chamando Rory para ir com ele. Rory se recusa, dizendo que irá ficar e proteger Amy e a Pandorica. E isso ele faz, vestido de centurião romano, sendo de plástico e seguindo as instruções do Doutor, de evitar calor, ondas de rádio e problemas: apesar dele não envelhecer pelas vias normais, ele não é invencível. E Rory, num rasgo de romantismo (meninas, suspirem!), protege a Pandorica por todos esses anos.

No Museu, Amy vê um vídeo que fala da lenda do Centurião - um homem vestido com roupas romanas, que seguiu a Pandorica por onde ela foi. Sua última aparição foi em 1941, durante o ataque nazista a Londres (A Batalha da Inglaterra), quando ele foi visto arrastando a grande caixa para escapar de uma bomba incendiária. Amelia pergunta quem Amy é, que responde apenas: "É complicado". O problema é que a caixa aberta também ativou o Dalek petrificado, graças à luz que foi capaz de regenerar Amy, também foi capaz de regenerá-lo - apesar dele ser apenas um eco no tempo. O Universo acabou, e só sobrou a Terra. Estamos sozinhos no vazio, e as formas de vida próximas à Pandorica foram petrificadas, em 102 DC. Chega um guarda do museu carregando uma lanterna, e o Dalek ameaça-o. O guarda mostra-se desarmado, mas a sua mão abre-se, mostrando uma arma. Ele atira no Dalek, desativando-o temporariamente. Sim, o guarda é o Auton Rory (ou Rory de plástico, como queiram). Ele tornou-se guarda do museu para proteger a Pandorica mais de perto. E tem um encontro emocionado entre Amy e Rory (coisa linda de Deus).

Chegou o Doutor, com o Manipulador de Vórtice de River Song, em 1996. Ele segue com todos (Amelia, Amy, Rory) para longe do Dalek, e com a ajuda de Rory, restaura a linha do tempo, ajudando o Rory que está em 102 DC. Amelia diz que está com sede, e ele pega o refrigerante que ela mesma estava bebendo, horas antes. Isso, graças ao Manipulador de Vórtice. Só que, de repente, surge um Doutor, alvejado por uma arma de energia. Isso ocorrerá nos próximos 12 minutos. O Doutor moribundo sussura no ouvido do Doutor vivo algo, e aparentemente morre: 12 minutos para resolver tudo, e Amelia já sumiu. O que sobrou do Universo está se contraindo, e coisas estão sumindo da existência. O Dalek é reativado, e todos vão até o telhado, onde respondem uma pergunta: Se tudo com exceção da Terra e sua Lua foram apagados do tempo e do espaço, como é que ainda há um Sol, que é uma estrela? Aí é que está, não existe mais um Sol. Quem mantém a Terra aquecida e iluminada é o TARDIS! Sim, o TARDIS, que está explodindo a todo momento na história. Ele usa uma antena parabólica para captar a última fala de River Song dentro da TARDIS, que é reenviada em um loop infinito. O sistema de emergência travou o console da nave num loop temporal para proteger os habitantes. O Doutor usa o Manipulador de Vórtice para salvar River, mas começa aí um novo problema: o Dalek regenerou o bastante para se mover.

O Doutor é ferido por um tiro do Dalek, mas não é mortal, embora pareça. Ele viaja para 12 minutos no passado. Amy volta com Rory até o local onde o corpo estava, enquanto River Song EXECUTA o Dalek, mas não sem antes fazê-lo pedir por misericórdia (ou clemência, como queiram). SENSACIONAL, a cena. Ela atira no olho do Dalek, e dado a fraqueza da matriz do escudo, isso é o bastante para matá-lo. Depois dessa, muitos fãs vão querer pedir a River Song em casamento. Ou um action figure dela (com todo aquele cabelo revolto). O corpo não está na escada, mas o Doutor está dentro da Pandorica, onde ele está ligado aos sistemas da prisão, assim como o Manipulador de Vórtice. Ele vai levar a Pandorica até a explosão do TARDIS, o que deve reiniciar o Universo. O poder de regeneração da luz que emana da Pandorica poderá então ser solto em cada ponto da história, assim reconstruindo tudo. Ele despede-se de Amy, que chora, e ele pilota o cubo para dentro da explosão. Só que há uma exceção - ele não será restaurado, pois ele está do lado "errado" da rachadura.

A linha do tempo do Doutor começa a ser traçada no sentido oposto. Primeiro, ele vê Amy vestida como quem vai para a praia (Space Florida), e uma versão mais antiga dele (1 semana antes). Ele chama por ela, que o ouve, mas não o vê. Segundo, ele volta mais um pouco, e encontra Amy colocando um bilhetinho no anúncio do aluguel (episódio "The Lodger"). Ela não consegue vê-lo novamente, mas ele vê uma rachadura no chão. Terceiro, ele volta aos eventos do episódio "Flesh and Stone", onde ele fala para Amy lembrar-se dele, e que ela precisa confiar mais nele (sim, gente, era outro Doutor!). Por último, ele volta até 1996, quando encontra Amelia adormecida do lado de fora, aguardando ele voltar. O Doutor leva-a para a cama, e fala dele para a menina enquanto ela dorme, e diz que ele poderá ser lembrado, já que ele irá saltar o resto dessa volta na sua linha temporal. A rachadura na parede de Amelia some, e o Doutor caminha na direção da luz e some.

Estamos no dia 26 de junho de 2010. Amy acorda com sua mãe trazendo um café da manhã que seu pai fez. Sim, pai e mãe. Amy tinha pai e mãe, mas morreram, e as suas memórias foram absorvidas pela rachadura. Agora, é possível que tudo ocorra sem o apagamento no tempo e no espaço. Ela surpreende-se com o fato, e finge que tudo está normal, mas não sabe o porque disso tudo. Afinal, esse é o dia do seu casamento com Rory, mas tem algo importante na mente dela, que ela deve lembrar-se mas não consegue. Ela liga para o Rory, mas ele não está com a mesma impressão. Na recepção pós-cerimônia, ela começa a lembrar, e vê vários elementos que a lembram do Doutor: Gravata borboleta, suspensórios, paletó... E ela ainda vê River Song passando pelo lado de fora do salão, e recebe um presente: O diário dela, com todas as páginas em branco. Amy começa a chorar de tristeza - embora devesse ficar alegre - e vê o livro, cuja capa é a fachada do TARDIS. Ela interrompe o brinde que o pai dela inicia, e anuncia que o seu amigo imaginário, da sua infância, o "Doutor Maltrapilho", é real. Apesar da mãe dela reprovar a fala ("Ah, não, de novo não..."), ela começa a lembrar dele com a sua gravata borboleta, sua caixa que é velha e nova, roubada e azul, e um estranho vento no meio da sala. Sim, o TARDIS materializa-se no meio do salão, com o seu som típico. Amy abre a porta, e o Doutor, vestindo um terno e cartola, sai de dentro do TARDIS, enquanto Rory começa a lembrar-se dele.

Na recepção do casamento, o Doutor dança de uma forma ridícula (segundo disseram, a dança é criação do próprio Matt Smith) uma música do Queen, e tudo segue até o momento romântico e a dança lenta, e ele fica à parte. Finalmente, ele estaciona o TARDIS do lado de fora da casa da Amy, e conversa com River Song, que além de uma pista do que ela é, ouve a pergunta que gera confusão: "Você é casada?" E ela responde que "sim", mas a questão que gera a dúvida é se ela é casada com o Doutor, ou se ela é casada apenas. Mas ela sai pela tangente, não completa a resposta, deixando o ar de mistério, e deixa um alerta: Você vai descobrir em breve, e é quando tudo muda", e por último usa o Manipulador de Vórtice para se teleportar, deixando o Doutor com os seus pensamentos... E o Doutor pensa por que o TARDIS explodiu - algo levou-a a aquela data, e propositalmente a detonou. Ele ainda não sabe claramente o que quer dizer o "silêncio", que caiu. Dentro do TARDIS, ele recebe um telefonema de uma personagem real (tem gente achando que é a Liz 10), dizendo que uma deusa egípcia escapou dentro do Expresso do Oriente - em pleno espaço sideral. Amy e Rory já estão dentro do TARDIS, para dizer "tchau" mais uma vez... E ela abre a porta, e dá tchau para a sua casa, e Leadworth! Ela e Rory seguirão juntos com o Doutor, que liga os motores, mergulhando com seus dois companheiros dentro do vórtice do tempo.